凈因寺西、南、東三面環水，地勢高敞開闊。寺東城河河面寬廣，儼若湖泊，常有漁人在此撒網垂釣、停泊漁船，遂謂“打漁灣”。以前灣汊中有蘆灘，灘上蘆荻滋蔓，野鳥翔集，而水灣的東西兩岸遍植垂柳、白楊，每到春暖花開時節，柳絮楊花飄落在水面上，微風吹皺湖水，湖面有如籠罩了層層煙霧，故有“漁灣柳浪”之美譽，是“泰州八景”之一。

凈因寺原來的主體建筑為山門殿與大雄寶殿。山門略偏東，是一座二層的樓閣，飛檐反宇，丹楹畫角，風吹鐸鳴，鏗鏘之聲清脆悅耳。山門內天井中有大照壁，繞過照壁方至大殿。布局自成一格。獨特、緊湊的結構，幽深、莊嚴的境界，惟見千年古剎的氣派。

重建的凈因寺古樸而典雅，是一座頗具現代氣息的建筑，從南到北正面有50米寬，從東到西跨度有29米，建筑面積共有8000平方米，面積之大，為現代寺廟建筑中所罕見。整座建筑高達五層28米，一樓為餐廳與業務用房；二樓、三樓中間挑空11米，為大雄寶殿供奉三尊大佛所用，周圍環繞為住房，分別用于圖書館、閱覽室、僧人寮房及辦公室等；四樓為多媒體的現代化講堂；五樓擬為寺廟休閑場所。恢復后的凈因寺將注重佛教文化的傳承，側重于慈善、教育事業，給僧眾及信徒提供一個清凈的修持道場。